故事发生在2369 年，深空九号太空站本来是卡达西人占领贝久后所建造的采矿太空站﹝原名「Terok Nor」﹞，一直到资源全被卡达西人掏空后，卡达西人留下了这个采矿站离开，贝久人因为资源不足无法重建自己的家园，只好向星际联邦求助。太空站由星际联邦与贝久星共同管理，并更名为「深空九号」，于是它变成了联邦最偏远的太空站。 在第一集里太空站附近发现一个稳定的虫洞，可以迅速地往返遥远的Gamma象限。这个发现瞬间让这个太空站成为星际联邦最有价值的太空站，也成为进入这个广大未开拓宇宙空间的重要商业中心和军事重地。虽然电视指南（TV Guide）认为《深空九号》在「演、编、制以及整体而言都是最好的星舰系列剧集」，然而很多传统星舰迷一开始并不能完全接受它，有人说它背弃了星舰原创人吉恩罗登贝瑞的原始构想，不过根据报导，罗登贝瑞在死前认可了这个剧集的概念...