故事发生在人与MS和平共处的国度、新托比亚。某天，邪恶MS军团“新亚古捷斯”手下“先锋渣古”，率领渣古兵团，企图入侵。一位名叫“阿修”的少年，无意中启动沉睡的MS队长高达”，更在他帮助下，打败先渣古军团。为对抗新亚古捷斯入侵，“SD高达战队”正式成立，后来更加上来自异空间，为解救故乡危机，来到新托比亚的战士“翼之骑士．零”及“炎之武者．爆热丸”，成为伙伴。开始围绕修仔及三位高达战士的历险之旅……...