因为一次飞机意外，大雄、哆啦A梦等人进入另一时空“鸟托邦”，大家和鸟人古斯基、猫头鹰博士成为好友，不过鸟人警备队长企图征服人类，古斯基在大雄协助下，成功拯救鸟托邦和人类.因为环境遭受破坏,导致企鹅、黑面皮鹭等鸟类临绝种的命运,这些现象在地球上已成了不容忽视地问题。看了这个新闻的大雄突发奇想,幻想一些长得像鸟类的外层空间人拯救了鸟类,结果遭到胖虎及小夫的取笑。但是听出木杉说到世界上真的有鸟驱人身的鸟人传说后,大雄一直沉尽在天空飞行的异想世界里......